A travers les travaux de recherche universitaire qu’il soutient, le Défap est en lien avec diverses facultés de théologie, dans et hors de France. Mais aussi avec des organismes comme le GSRL (Groupe Sociétés, Religions, Laïcités), un laboratoire de recherche du CNRS et de l’École pratique des hautes études (EPHE-PSL). Exemple avec Richard Macaire Lengo, sociologue venu de Brazzaville, auteur d’une thèse sur l’Église Évangélique du Congo.