Hypatie est la fille d’un mathématicien et astronome, Théon. Ce dernier offre quelque chose de rare et précieux à sa fille, pour l’époque : la possibilité de se former aux sciences et aux lettres. Hypatie est une surdouée, au point d’ouvrir sa propre académie dans les années 380 de notre ère. A l’époque, ces établissements sont réservés à l’élite et les femmes enseignantes sont rarissimes. Mathématiques, astronomie, philosophie... la professeure enseigne toutes les matières aux païens et chrétiens, sans distinction. Ces derniers sont de plus en plus nombreux, y compris dans les élites depuis la conversion de l’empereur Constantin au début du IVe siècle. Les tensions religieuses à Alexandrie s’accroissent.

Le patriarche Cyrille et ses partisans vouent une haine féroce aux juifs et s’opposent à la politique modérée du préfet Oreste, proche d’Hypatie. Cette proximité est vue d’un mauvais œil et le patriarche Cyrille finit par désigner la philosophe comme la cause de tous les maux d’Alexandrie. C’est un appel au meurtre.

Hypatie est sauvagement assassinée dans une église par des parabolâmes, une confrérie chrétienne en charge du soin aux malades et des enterrements. Bien plus tard, au siècle des Lumières, Voltaire lui-même fera d’elle une icône de la raison.